Південно-Східний науковий інститут у Перемишлі заснований 2 лютого 1990 року. Його головною метою є дослідження історії, матеріальної та духовної культури, традицій національних меншин в Польщі, а також взаємовідносини поляків з народами Південно-Східної Європи, в першу чергу з українцями. Історичні та ін. дослідження проводяться групою науковців різних профілей, які є співпрацівниками інституту. При інституті функціонує бібліотека, в якій зосереджена численна релігійна література, матеріали з історії польсько-українських взаємин протягом віків, рідкісні документи та опрацювання з регіональної історії, нові видання та історичні журнали України, наукові збірники гуманітарних факультетів українських університетів, інститутів, академій. В галузі освіти Інститут співпрацює з National Endowment for Democracy у Вашінгтоні, Fundacją im. Stefana Batorego у Варшаві, а також Sekretariatem Euroregionu Karpackiego в Кросно. Від 1997 року в рамках Інституту на базі дотацій отриманих від Funduszu Rozwoju Euroregionu Karpackiego функціонує Осередок інформації про польсько-українські взаємини, становище української меншини в Польщі і польської в Україні.

Інститут тісно співпрацює з українськими науково-дослідними гуманітарними інституціями, в першу чергу з Інститутом Українознавства ім. І. Крип’якевича НАН України у Львові, Інститутом історичних досліджень Львівського університету, Інститутом історії України НАН України в Києві та ін. При допомозі стипендій, отриманих у Fundacji S. Batorego i Kasie ім. J. Mianowskiego, а також Funduszu Rozwoju Euroregionu Karpackiego в Інституті пройшли науковий стаж 21 дослідників з України.

Від вересня 2005 року ПСНІ у співпраці з Генеральним Консулатом США у Кракові а також в рамках дофінансовання з Програми Польсько-Американської Фундації Свободи «Переміни у Регіоні - RITA», який адмініструє Фонд Едукація для Демократії, здійснює Міжнародну Медіальну Програму «Партнерство для Демократії», в якого рамках організовані циклічно (щомісячно) верстати для журналістів з України.

Для поширення знань про народні меншини Польщі та польсько-українські взаємини Інститут організовує наукові симпозіуми і конференції. З метою популяризації та активації наукових досліджень національних меншин і взаємини поляків з народами Південно-Східної Європи, Південно-Східний інститут призначає Наукову нагороду im. Marcelego Handelsmana за праці магістерські, докторські дисертації та праці на одержання звання габілітованого доктора.

Результатом наукових досліджень ПСНІ є ряд публікацій, більшість із яких можна придбати в інституті.